水産資源をつくり育て増やすために、産卵場や生育の場として重要な役割を果たしている藻場をはじめ、浅海や沿岸と呼ばれる陸近くの海の環境を維持するための技術開発を行っています。更に、放流の必要な資源管理対象魚種、あるいは消費者ニーズに沿った新しい養殖対象魚種の種苗生産技術開発を行っています。
また、養殖業において健康でおいしい魚づくりのための飼育技術や疾病予防技術等を研究するとともに、赤潮による水産物への被害軽減や食の安全安心のため、赤潮及び貝毒のモニタリングや養殖漁場の環境保全に関する研究を行っています。